EÜ'de, Ar-ge projesine TÜSEB'den destek
Ege Üniversitesi Mühendislik Fakültesi Biyomühendislik Bölümü Dr. Öğretim Üyesi Yasin Kaymaz’ın yürütücülüğünü yaptığı, Hacettepe Üniversitesi öğretim üyesi Prof. Dr. Güneş Esendağlı, Ege Üniversitesi öğretim üyesi Doç. Dr. Ayşe Caner, Antalya Bilim Üniversitesi öğretim üyesi Doç. Dr. Hilal Kazan’ın araştırmacı olarak yer aldığı “Tümörle ilişkili makrofajların plastisitelerinde alternatif transkript izoformlarının biyobelirteç özelliklerinin tek hücre RNA sekanslama yaklaşımı ile araştırılması’ başlıklı proje, Türkiye Sağlık Enstitüleri Başkanlığı (TÜSEB) Araştırma ve Geliştirme Projelerini̇ Destekleme Programı kapsamında destek aldı.
15 Aralık 2022 - 12:39
Ege Üniversitesi Rektörü Prof. Dr. Necdet Budak, üretken bilim insanı Dr. Öğretim Üyesi Yasin Kaymaz’ı tebrik ederek başarılar diledi.
Proje ile ilgili bilgi veren Dr. Öğretim Üyesi Yasin Kaymaz, “Dokuların homeostazını sağlama, patojenlere karşı savunma ve doku zedelenmesi sonrası iyileşmede rol almalarıyla bilinen makrofajlar polarize alt grupları tümör dokusu içine infiltre olarak da tümörü destekleyici ya da önleyici roller alabilmektedirler. Bu farklılaşmış rolleri tetikleyen veya fonksiyonlar arası geçişgenliği sağlayan temel moleküler mekanizmalar henüz tamamen açıklık kazanmamıştır. Makrofajların fonksiyonel olarak özelleşmeleri ile micro RNAların ilişkili bulunması 3’-UTR üzerinden regülasyonların varlığını işaret etmekte ve alternatif poliadenilasyon ile oluşan transkript izoformlarının tespit edilmesinin önemi vurgulamaktadır. Tek hücre RNA sekanslama teknolojilerinin ilerlemesi ile birlikle bu ilişkilerin moleküler nedenleri doku gürültüsünden uzaklaşmış̧, benzer genetik programa sahip hücre türleri üzerinde araştırılma imkânı bulmaktadır. Bu proje makrofaj polarizasyonu ile başkalaşan fonksiyonel alt hücre gruplarına özgü alternatif poliadenilasyon profillerinin tespit edilmesi ve bu özelleşmiş̧ grupların tümör mikro çevresindeki dağılımının belirlenmesini amaçlamaktadır” diye konuştu.
Araştırmanın hedeflerinden bahseden Dr. Öğretim Üyesi Yasin Kaymaz, “Tek hücre sekanslama verilerinden alternatif poliadenilasyon verileri açısından ele alabilen biyoinformatik analiz algoritmaları geliştirmektir. Geliştirilecek modellerde referans verisi olarak kullanılmak üzere makrofaj polarizasyonu deneyleri gerçekleştirmektir. Küçük hücreli dışı akciğer kanseri tümör mikro çevresinde tümörle ilişkili makrofajların özelleşmiş̧ alt gruplarında biyobelirteç olma potansiyelindeki transkript farklılaşmalarını incelemektir ”dedi.
Dr. Öğretim Üyesi Yasin Kaymaz, “Bu çalışmada planlanan tek hücre sekanslama verilerini özelleşmiş̧ alt makrofaj gruplarının karakterizasyonu amacıyla farklı bir bakış açısı ile biyoinformatik açıdan işleme projenin özgün yaklaşımıdır. Global transkriptom ölçekte özelleşmiş makrofaj alt gruplarının UTR uzunluğu değişimleri ile potansiyel mikro RNA temelli regülasyonlar arasında ilişki kurulması açısı çalışmanın bir diğer özgün değeridir. Ayrıca makrofaj polarizasyonu akabinde üretilecek tek hücre RNA sekans verileri TAM’ların aydınlatılmasında bir referans modeli olarak kullanılacak olması projenin önemli bir özgün yaklaşımıdır. Bu proje ile tümörle ilişkili makrofajların alt gruplarının biyomarkörleri olma potansiyelinde transkriptomik farklılıkların tek hücre sekanslama verileri ile elde edilme imkânı sağlanmaktadır. Biyoinformatik algoritma geliştirme süreci, kontrollü deney ile referans verisi üretimi, hücre alt gruplarını belirleyen model geliştirilmesi ve geliştirilen modelin tümör biyopsi örneğinde test edilmesi seklinde 4 ana safhadan oluşan proje 9 iş paketi içermektedir. 24 ay içinde tamamlanması planlanan bu proje çeşitli aşamalarında Ege Üniversitesi, Hacettepe Üniversitesi ve Antalya Bilim Üniversitesi iş birliği sayesinde gerçekleştirilecek olup oldukça interdisipliner alanların (biyoinformatik, bilgisayar mühendisliği, immünoloji, moleküler onkoloji) etkileşimi ve akademik üretkenliğini artıracaktır. Son teknoloji moleküler tekniklerden tek hücre RNA sekanslama yöntemlerinin en düşük maliyetli ve yüksek verimlilikte bir metodunu ülkemizde ilk defa uygulama fırsatı verecek bu proje bu yönüyle de teknoloji transferi imkânı sunma potansiyeliyle ve ülkemize hem ekonomik hem de akademik açıdan büyük katkılar sağlayacaktır. Ayrıca projenin biyoinformatik geliştirme ve laboratuvar deneyimlerinde aktif rol alacak lisansüstü ve doktora öğrencilerini yetiştirme yönüyle de akademiye katkısı olacaktır” diye konuştu.
Proje ile ilgili bilgi veren Dr. Öğretim Üyesi Yasin Kaymaz, “Dokuların homeostazını sağlama, patojenlere karşı savunma ve doku zedelenmesi sonrası iyileşmede rol almalarıyla bilinen makrofajlar polarize alt grupları tümör dokusu içine infiltre olarak da tümörü destekleyici ya da önleyici roller alabilmektedirler. Bu farklılaşmış rolleri tetikleyen veya fonksiyonlar arası geçişgenliği sağlayan temel moleküler mekanizmalar henüz tamamen açıklık kazanmamıştır. Makrofajların fonksiyonel olarak özelleşmeleri ile micro RNAların ilişkili bulunması 3’-UTR üzerinden regülasyonların varlığını işaret etmekte ve alternatif poliadenilasyon ile oluşan transkript izoformlarının tespit edilmesinin önemi vurgulamaktadır. Tek hücre RNA sekanslama teknolojilerinin ilerlemesi ile birlikle bu ilişkilerin moleküler nedenleri doku gürültüsünden uzaklaşmış̧, benzer genetik programa sahip hücre türleri üzerinde araştırılma imkânı bulmaktadır. Bu proje makrofaj polarizasyonu ile başkalaşan fonksiyonel alt hücre gruplarına özgü alternatif poliadenilasyon profillerinin tespit edilmesi ve bu özelleşmiş̧ grupların tümör mikro çevresindeki dağılımının belirlenmesini amaçlamaktadır” diye konuştu.
Araştırmanın hedeflerinden bahseden Dr. Öğretim Üyesi Yasin Kaymaz, “Tek hücre sekanslama verilerinden alternatif poliadenilasyon verileri açısından ele alabilen biyoinformatik analiz algoritmaları geliştirmektir. Geliştirilecek modellerde referans verisi olarak kullanılmak üzere makrofaj polarizasyonu deneyleri gerçekleştirmektir. Küçük hücreli dışı akciğer kanseri tümör mikro çevresinde tümörle ilişkili makrofajların özelleşmiş̧ alt gruplarında biyobelirteç olma potansiyelindeki transkript farklılaşmalarını incelemektir ”dedi.
Dr. Öğretim Üyesi Yasin Kaymaz, “Bu çalışmada planlanan tek hücre sekanslama verilerini özelleşmiş̧ alt makrofaj gruplarının karakterizasyonu amacıyla farklı bir bakış açısı ile biyoinformatik açıdan işleme projenin özgün yaklaşımıdır. Global transkriptom ölçekte özelleşmiş makrofaj alt gruplarının UTR uzunluğu değişimleri ile potansiyel mikro RNA temelli regülasyonlar arasında ilişki kurulması açısı çalışmanın bir diğer özgün değeridir. Ayrıca makrofaj polarizasyonu akabinde üretilecek tek hücre RNA sekans verileri TAM’ların aydınlatılmasında bir referans modeli olarak kullanılacak olması projenin önemli bir özgün yaklaşımıdır. Bu proje ile tümörle ilişkili makrofajların alt gruplarının biyomarkörleri olma potansiyelinde transkriptomik farklılıkların tek hücre sekanslama verileri ile elde edilme imkânı sağlanmaktadır. Biyoinformatik algoritma geliştirme süreci, kontrollü deney ile referans verisi üretimi, hücre alt gruplarını belirleyen model geliştirilmesi ve geliştirilen modelin tümör biyopsi örneğinde test edilmesi seklinde 4 ana safhadan oluşan proje 9 iş paketi içermektedir. 24 ay içinde tamamlanması planlanan bu proje çeşitli aşamalarında Ege Üniversitesi, Hacettepe Üniversitesi ve Antalya Bilim Üniversitesi iş birliği sayesinde gerçekleştirilecek olup oldukça interdisipliner alanların (biyoinformatik, bilgisayar mühendisliği, immünoloji, moleküler onkoloji) etkileşimi ve akademik üretkenliğini artıracaktır. Son teknoloji moleküler tekniklerden tek hücre RNA sekanslama yöntemlerinin en düşük maliyetli ve yüksek verimlilikte bir metodunu ülkemizde ilk defa uygulama fırsatı verecek bu proje bu yönüyle de teknoloji transferi imkânı sunma potansiyeliyle ve ülkemize hem ekonomik hem de akademik açıdan büyük katkılar sağlayacaktır. Ayrıca projenin biyoinformatik geliştirme ve laboratuvar deneyimlerinde aktif rol alacak lisansüstü ve doktora öğrencilerini yetiştirme yönüyle de akademiye katkısı olacaktır” diye konuştu.
YORUMLAR